Vid Umeå universitet finns världsledande forskning inom flera områden. Vi erbjuder ett attraktivt utbud av utbildningar och goda studiemiljöer. Campus utgör en inspirerande miljö för de 4 200 anställda och 36 700 studenter som valt oss. För oss är det självklart att sträva efter jämställdhet och mångfald. Vi samarbetar gärna med näringsliv och organisationer i regionen och övriga världen. Tillsammans står vi inför spännande utmaningar och stora möjligheter.

Doktorandtjänst i medicinsk bildanalys

Detta forskningsprojekt kommer att utveckla nya beräkningsmetoder och verktyg för modellering, kvantifiering och visualisering av kliniska bilddata med fokus på ultraljud, magnetisk resonanstomografi (MRT) och positronemissionstomografi (PET) avbildning. Inom ultraljud, gör den höga bildhastigheten det möjligt att fånga rörelser i realtid och analysera funktionella aspekter på skelettmuskulatur och vävnad. Detta inkluderar a) fysisk träning b.) skelettmuskulatur kopplad till rehabilitering inom idrott, smärta, skador samt post-operativ behandling, c.) neurologiska sjukdomar kopplad till muskelfunktion såsom multipel skleros, d) smärtrelaterade diagnoser såsom ryggont och whiplash.

Ett annat fokusområde är att använda MR-och PET imaging tekniker för tidig utvärdering av cancerbehandlingar i samarbete med onkologer, radiologer och fysiker vid regionala universitetssjukhuset i Umeå (NUS). De konventionella metoderna som används i kliniken idag utvärderas ofta de första månaderna efter avslutad behandling. Tumörer delar likheter med skelettmuskulatur. De består båda av mjuk vävnad som har dynamiska egenskaper och kärlsystem. I tumören så är en förändring i vävnadens dynamiska egenskaper en viktig indikator för diagnostiska utvärderingar och därför av stort kliniskt värde. Vi kommer att utveckla nya statistiska verktyg för att analysera MRI och PET bilder för olika subvolumer i tumör och normal vävnad för att både förstå patientens svar på behandlingen och föreslå ny behandling.

Doktoranden kommer att arbeta i en verkligt tvärvetenskaplig miljö (bioteknikföretag, patientorganisationer, forskare, kliniker) och därför krävs mycket god kompetens i muntlig och skriftlig kommunikation på engelska, samt förmåga att arbeta självständigt såväl som i samarbete med andra. De metoder som vi utvecklar är implementerade i mjukvara skriven i Java, Matlab eller R. Den sökande skall ha goda kunskaper i något av dessa programmeringsspråk. Dokumenterad kunskap eller praktisk erfarenhet inom kemometri, tillämpad statistik, datorprogrammering, fysiologi eller anatomi, är meriterande.

Kandidaten kommer att kopplas till Computational Life Science Cluster (CLiC), en bioinformatik plattform vid Umeå universitet med för närvarande 35 forskare från flera institutioner och centra vid TekNat fakulteten och Medicinska fakulteten, båda vid Umeå universitet.

Grundläggande behörighet har den som har avlagt en examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper. För att uppfylla kravet på särskild behörighet att antas till utbildning på forskarnivå beräkningsvetenskap krävs att den sökande har minst 90 högskolepoäng inom beräkningsvetenskapliga ämnen (såsom kemometri, bioinformatik, fysik, matematik och datavetenskap) varav minst 30 högskolepoäng på avancerad nivå. Behörig är även den som på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Den som före den 1 juli 2007 uppfyller kraven på grundläggande behörighet för tillträde till forskarutbildning, d.v.s. grundläggande högskoleutbildning om minst 120 poäng eller motsvarande kunskaper som förvärvats i någon annan ordning inom eller utom landet, skall även därefter anses ha grundläggande behörighet för tillträde till utbildning på forskarnivå, dock längst till utgången av juni 2015 (HF 12 kap 11 st).
Ansökan ska bestå av en kortfattad beskrivning av de erfarenheter du har som gör dig lämpad för forskarutbildningen och varför du är intresserad av forskarutbildning inom ämnesområdet, meritförteckning inklusive betygsutdrag från högskolestudier, namn på två referenspersoner, samt eventuellt examensarbete och andra publikationer.

Närmare upplysningar kan lämnas universitetslektor Johan Trygg, kemiska institutionen, tel, 090 786 69 17, johan.trygg@chem.umu.se eller överläkare/ universitetslektor Thomas Asklund, Institutionen för strålningsvetenskaper, email: thomas.asklund@onkologi.umu.se.

Facklig information lämnas av SACO, tel 090-786 53 65, SEKO, tel 090-786 52 96 samt ST, tel 090-786 54 31.

Ansökningstiden för denna tjänst har passerat.

Umeå University - with its 36,700 students and over 4,200 employees - is an organisation in constant change and development. Umeå University conducts groundbreaking research within several areas - several in which we are among the best in the world - within others regarded as the leaders in Sweden. We are one of Sweden’s largest providers of education and offer a broad and attractive range of courses and programmes. Our campus constitutes an inspiring environment for everyone that studies and works here. We wish to co-operate with companies and organizations throughout the Umeå region and all over the world.

PhD-student position in medical image analysis

This research project will develop novel computational methods (chemometrics) and tools (software) for modeling, quantification and visualisation of clinical imaging data with focus on Ultrasound, Magnetic Resonance Imaging (MRI) and Positron Emission Tomography (PET) imaging. In ultrasound imaging, the high frame rate makes it suitable for capturing real time performances and subsequent analysis of functional aspects on skeletal muscle and tissue. This includes a.) physical training b.) Skeletal muscle induced rehabilitation in sports, pain and injury medicine as well as post-operative treatment, c) neurological diseases involving muscle function, such as multiple sclerosis, d) pain-related conditions such as back pain and whiplash disorders.

Another focus area is to use MRI and PET imaging technologies for early evaluation of cancer treatments in collaboration with oncologists, radiologists and physicists at Regional University Hospital in Umeå. The conventional methods used in the clinic today often act first months after completion of treatment. Tumours share similarities with skeletal muscles. They are both inherently smooth tissue masses with dynamic characteristics and vasculature support. In the tumour case, a change in the tissue’s dynamic quality is an important indicator of diagnostic evaluations and is therefore of great clinical value. We will develop new statistical tools to analyse MRI and PET images for different subvolumes in tumour and normal tissue to both understand patient response to treatment and suggest new treatment.

The Ph.D. candidate will work in a truly multi-disciplinary environment (biotech companies, patient organizations, researchers, clinicians); therefore we expect excellent oral and written communication skills in English and the ability to work independently as well as in collaboration with others. The methods we develop are implemented in software written in Java, Matlab or R. The candidate must be proficient in one of these programming languages. Documented knowledge or practical experience in chemometrics, applied statistics, computer programming, physiology or anatomy, are merits.

The candidate will be linked to Computational Life Science Cluster (CLiC), the bioinformatics platform at Umeå University with currently 35 researchers. CLiC hosts researchers from several departments and centers at the Faculty of Science and Technology and the Faculty of Medicine, Umeå University.

Prerequisites: Prerequisites include either i) 240 ECTScredits (swe. högskolepoäng) of higher education studies of which 60 should be on an advanced level (Master level), or ii) 120 Swedish (old) credits (swe. poäng; corresponding to 180 ECTS-credits of these) of higher education studies if they were taken before July 1, 2007. In addition to these general requirements, 90 ECTS credits need to be in the area of computational science (mathematics, mathematical statistics and computer science) of which 30 should be on an advanced level (Master level). Competent is also applicants that otherwise, within or outside the country, acquired essentially equivalent knowledge.

Application: The application should contain a CV, including academic grades and relevant documentation, and a personal letter of one A4 sheet describing yourself and your reasons for applying to this position and also provide two references, familiar with the applicant’s qualifications. Documents should be sent electronically and should be in MS Word or PDF format.

Questions about the position will be answered by associate professor Johan Trygg, Department of Chemistry, email: johan.trygg@chem.umu.se or Senior physician/associate professor Thomas Asklund, Department of Radiation Sciences, email: thomas.asklund@onkologi.umu.se.

Union-related information is available from SACO, phone +46 90-786 51 53, SEKO civil, phone +46 90-786 52 96 and also ST, phone +46 90-786 54 31.

The application should contain a CV, including academic grades, a copy of the degree project report, if any, and other publications. It should also include two personal references along with a personal letter of one A4 sheet describing yourself and why you apply for this position.

The application period for this advert has expired.